大屿山的受保护地区
郊野公园及特别地区
自70年代起，香港已设有深具条理且行之有效的保护区制度，以保护自然资源。现时，香港约有四成土地面积，已按《郊野公园条例》（第208章）的规定，获指定为郊野公园或特别地区，以作保育、郊野康乐及户外教育用途。
大屿山有约七成土地，已获指定为郊野公园，当中包括北大屿郊野公园、北大屿郊野公园（ 扩建部分）和南大屿郊野公园。两座着名山峰，即凤凰山及大东山，均位处南大屿郊野公园范围内，是登山人士的热门胜地。郊野公园内高地起伏不断，而在多个山峰更可尽赏壮阔秀丽的景观，远眺岛上四面八方的景色，包括优美的南大屿海岸线与北面的赤鱲角机场，同时保留了各重要生境，例如天然河溪及山地林。
除郊野公园外，大屿山共有八个具特殊科学价值地点及两个特别地区，设定目的为保育岛上重要的生态资源。
海岸公园
现时，大屿山周边水域有五个海岸公园，包括沙洲及龙鼓洲海岸公园、大小磨刀海岸公园、大屿山西南海岸公园、南大屿海岸公园和北大屿海岸公园。五个海岸公园乃根据《海岸公园条例》（第476章）设立，让大屿山一带合共不少于7,200公顷的水域，受相关法例保护。大屿山周边的海岸公园，尤其在北大屿海域，相连形成一个更大的海洋保护区网络，进一步加强保育中华白海豚及江豚、其栖息地和公园范围内的海洋和渔业资源。
具特殊科学价值地点
除郊野公园外，大屿山共有八个具特殊科学价值地点及两个特别地区；设定目的为保育岛上重要的生态资源。
具特殊科学价值地点
万丈布
万丈布具特殊科学价值地点涵盖万丈布以下包括龙仔悟园的森林峡谷，此处的林地拥有一些稀有植物，例如小叶厚皮香（Ternstroemia microphylla）。龙仔悟园亦种有各种有趣的植物，可视为一小型植物园。
具特殊科学价值地点
新洲
新洲具特殊科学价值地点为深屈与大澳之间的一片靠海山坡，此处的灌木丛拥有本港已知最大的毛叶杜鹃（Rhododendron championiae）群落。毛叶杜鹃为本港最稀有的原生杜鹃之一。
具特殊科学价值地点
昂坪
昂坪具特殊科学价值地点包含部分昂坪河溪和附近的林地和植林。此河谷是一大群落的卢氏小树蛙（Liuixalus romeri）的栖息地。与其他大屿山群落比较，此群落亦特别在它位处较高海拔。
具特殊科学价值地点
凤凰山
凤凰山具特殊科学价值地点为凤凰山北面，由山顶至地塘仔一带的山地林及灌木丛，此处长有一些特别和稀有植物，包括大屿八角（Illicium angustisepalum）、深山含笑（Michelia maudiae）和数种杜鹃花。
具特殊科学价值地点
䃟头海滩
䃟头海滩具特殊科学价值地点涵盖东涌湾䃟头的部分海岸软滩，此处的红树林长有不常见的木榄（Bruguiera gymnorhiza），泥滩上亦有海草床，长有矮大叶藻（Zostera japonica）和喜盐草（Halophila ovalis ），孕育各种潮间带动物，包括两种马蹄蟹。
具特殊科学价值地点
大蠔河
大蠔河具特殊科学价值地点涵盖天然的大蠔河及数条由高地流至河口的支流，以及大蠔湾近岸一带。大蠔河是本港余下为数不多的中型且上下游完整连贯的河溪，淡水鱼物种丰富，有共68种记录，是香鱼（Plecoglossus altivelis）在本港唯一有记录的地点。其他稀有鱼类包括黑首阿胡鰕虎鱼（Awaous melanocephalus）和杂食豆齿鳗（Pisodonophis boro）。湾岸长有稀有海草：贝克喜盐草（Halophila beccarii），红树林亦长有不常见的木榄（Bruguiera gymnorhiza）。
具特殊科学价值地点
大东山
大东山具特殊科学价值地点是由大东山及二东山以北伸延向黄龙坑及莲花山一带的山地天然树林，此处植物物种丰富，长有一些稀有植物，包括穗花杉（Amentotaxus argotaenia）、大果马蹄荷（Exbucklandia tonkinensis）和木莲（Manglietia fordiana），以及多种蕨类植物（包括树形蕨类植物）和苔藓植物。
具特殊科学价值地点
萡刀屻与婆髺山
萡刀屻与婆髺山具特殊科学价值地点涵盖萡刀屻北面及婆髺山东面的两个山林地及灌木丛，此处的植物物种丰富，长有超过200种原生植物，当中不乏稀有或受保护物种，例如香港细辛（Asarum hongkongense）、香港杜鹃（Rhododendron hongkongense）、猪笼草（Nepenthes mirabilis）、岭南槭（Acer tutcheri）和数种兰花。