大嶼山的受保護地區
郊野公園及特別地區
自70年代起，香港已設有深具條理且行之有效的保護區制度，以保護自然資源。現時，香港約有四成土地面積，已按《郊野公園條例》（第208章）的規定，獲指定為郊野公園或特別地區，以作保育、郊野康樂及戶外教育用途。
大嶼山有約七成土地，已獲指定為郊野公園，當中包括北大嶼郊野公園、北大嶼郊野公園（ 擴建部分）和南大嶼郊野公園。兩座著名山峰，即鳳凰山及大東山，均位處南大嶼郊野公園範圍內，是登山人士的熱門勝地。郊野公園內高地起伏不斷，而在多個山峰更可盡賞壯闊秀麗的景觀，遠眺島上四面八方的景色，包括優美的南大嶼海岸線與北面的赤鱲角機場，同時保留了各重要生境，例如天然河溪及山地林。
除郊野公園外，大嶼山共有八個具特殊科學價值地點及兩個特別地區，設定目的為保育島上重要的生態資源。
海岸公園
現時，大嶼山周邊水域有五個海岸公園，包括沙洲及龍鼓洲海岸公園、大小磨刀海岸公園、大嶼山西南海岸公園、南大嶼海岸公園和北大嶼海岸公園。五個海岸公園乃根據《海岸公園條例》（第476章）設立，讓大嶼山一帶合共不少於7,200公頃的水域，受相關法例保護。大嶼山周邊的海岸公園，尤其在北大嶼海域，相連形成一個更大的海洋保護區網絡，進一步加強保育中華白海豚及江豚、其棲息地和公園範圍內的海洋和漁業資源。
具特殊科學價值地點
除郊野公園外，大嶼山共有八個具特殊科學價值地點及兩個特別地區；設定目的為保育島上重要的生態資源。
具特殊科學價值地點
萬丈布
萬丈布具特殊科學價值地點涵蓋萬丈布以下包括龍仔悟園的森林峽谷，此處的林地擁有一些稀有植物，例如小葉厚皮香（Ternstroemia microphylla）。龍仔悟園亦種有各種有趣的植物，可視為一小型植物園。
具特殊科學價值地點
新洲
新洲具特殊科學價值地點為深屈與大澳之間的一片靠海山坡，此處的灌木叢擁有本港已知最大的毛葉杜鵑（Rhododendron championiae）群落。毛葉杜鵑為本港最稀有的原生杜鵑之一。
具特殊科學價值地點
昂坪
昂坪具特殊科學價值地點包含部分昂坪河溪和附近的林地和植林。此河谷是一大群落的盧氏小樹蛙（Liuixalus romeri）的棲息地。與其他大嶼山群落比較，此群落亦特別在它位處較高海拔。
具特殊科學價值地點
鳳凰山
鳳凰山具特殊科學價值地點為鳳凰山北面，由山頂至地塘仔一帶的山地林及灌木叢，此處長有一些特別和稀有植物，包括大嶼八角（Illicium angustisepalum）、深山含笑（Michelia maudiae）和數種杜鵑花。
具特殊科學價值地點
䃟頭海灘
䃟頭海灘具特殊科學價值地點涵蓋東涌灣䃟頭的部分海岸軟灘，此處的紅樹林長有不常見的木欖（Bruguiera gymnorhiza），泥灘上亦有海草床，長有矮大葉藻（Zostera japonica）和喜鹽草（Halophila ovalis ），孕育各種潮間帶動物，包括兩種馬蹄蟹。
具特殊科學價值地點
大蠔河
大蠔河具特殊科學價值地點涵蓋天然的大蠔河及數條由高地流至河口的支流，以及大蠔灣近岸一帶。大蠔河是本港餘下為數不多的中型且上下游完整連貫的河溪，淡水魚物種豐富，有共68種記錄，是香魚（Plecoglossus altivelis）在本港唯一有記錄的地點。其他稀有魚類包括黑首阿胡鰕虎魚（Awaous melanocephalus）和雜食豆齒鰻（Pisodonophis boro）。灣岸長有稀有海草：貝克喜鹽草（Halophila beccarii），紅樹林亦長有不常見的木欖（Bruguiera gymnorhiza）。
具特殊科學價值地點
大東山
大東山具特殊科學價值地點是由大東山及二東山以北伸延向黃龍坑及蓮花山一帶的山地天然樹林，此處植物物種豐富，長有一些稀有植物，包括穗花杉（Amentotaxus argotaenia）、大果馬蹄荷（Exbucklandia tonkinensis）和木蓮（Manglietia fordiana），以及多種蕨類植物（包括樹形蕨類植物）和苔蘚植物。
具特殊科學價值地點
萡刀屻與婆髺山
萡刀屻與婆髺山具特殊科學價值地點涵蓋萡刀屻北面及婆髺山東面的兩個山林地及灌木叢，此處的植物物種豐富，長有超過200種原生植物，當中不乏稀有或受保護物種，例如香港細辛（Asarum hongkongense）、香港杜鵑（Rhododendron hongkongense）、豬籠草（Nepenthes mirabilis）、嶺南槭（Acer tutcheri）和數種蘭花。